机动兵士高达SEED的系列作再开。这次除了我们大家认识的基拉（保志总一朗 配音）、阿斯兰（石田彰 配音）等人外，尚有大量新脚色的登场。而故事也将演变的更为巨大，辩论加剧，战役升级。
　　C.E.70年2月，“血染恋人节”变乱的辐射效应还在地球连合军和ZAFT中连续着。二者发动了数次抵抗，伤及浩繁无辜百姓。C.E.71年6月，地球连合军居然掉臂条约发动了对中立国度奥布连合酋长国的侵犯。这让少年真飞鸟（铃村健一 配音）在一刹时失去了本身全部的亲人，并且都是在本身面前。这件事对飞鸟的打击不小，让他这个无忧无虑的平常少年，决定参加ZAFT。参加ZAFT，飞鸟碰到了很多波折和坎坷，也看到了人性的暴虐和无奈，最严厉的环境是本身心田始终包围着家人拜别的阴影。飞鸟的生长在ZAFT正式开始。他和基拉、阿斯兰他们又会有怎样的交集呢？