夏季的一天，红发女孩玛丽（杉咲花 配音）被送到阿姨夏洛特地点的乡间小屋度假。初来乍到，玛丽对周遭的统统还不那么顺应，特别是调皮男孩彼得（神木隆之介 配音）故意和她对着干，令玛丽着实高兴不起来。偶尔一次的林间探险，玛丽见到了传说中的邪术之花“夜间飞行”，还找到了一柄破扫帚。偏偏这把邪术扫帚载着玛丽飞上天空，来到了专门作育邪术师的恩德学园。在这个神奇的地点，玛丽受到曼布勒切克密斯（天海佑希 配音）的殷勤欢迎，还邂逅了怪模怪样的D博士（小日向文世 配音）。固然女孩懵懵懂懂成为了邪术学员，但是他很快发明白这里所隐蔽的机密……
　　本片根据改编自玛丽·斯图尔特的英国儿童文学小说改编，是米林宏昌离开吉卜力事变室后制作拍摄的第一部动画长片。