美国深海勘查潜艇“赛任1号”在一次例行任务中失事，当局下令潜艇计划师（主人公）构造一支由武士和种种科学家构成的小队，乘坐另一艘同型潜艇“赛任2号”下海救济“赛任1号”，成员内里有两个女性，此中一个是潜艇计划师的前妻。
　　搜刮的线索是“赛任1号”上面的一只“黑匣子”。救济队据此潜航到一个非常潜伏的海沟。途中这艘黄色潜艇被一个巨大的白色不明物体包裹住，艇长用电击法驱走这个怪物。三名潜水员出艇勘查，发明这里的海藻产生过变异，大得出奇。一名潜水员遭隐蔽在海藻林间的异形生物突袭而亡，另两名生还者收罗了一些变异的海藻后返回潜艇。
　　潜艇为了躲避变异生物的打击，进入了海沟内部探险，结果发明海沟最底部有一个巨大空洞，潜艇浮出水面，艇员们穿着如同宇航服的特种防护衣进入这个幽深的洞穴，发明内部竟然有人工开凿的陈迹，内里到处都是变异生物，有的雷同巨型蜜蜂，有的雷同海蛇和恐龙的杂交体，并且全部的生物身上都带有剧毒。
　　队员们在留守在潜艇中的通讯指挥员的指示下不绝深入，探求遗失的黑匣子。然而当他们在洞内巡视时，一头异形怪物穿破一名队员的掩护罩，进入他的体内，队员们被迫将其击毙。
　　同时，潜艇上的变异海藻入侵了潜艇上的饮水体系，打仗海藻大概饮用了被海藻污染的水，都市被腐蚀渐渐变为海藻的饲料，一个杂役兵因此熏染而死。
　　队员们划着橡皮筏返回潜艇途中，又被水中的异形逐个清除。
　　潜艇计划师和两个女队员以及一个男科学家继承在洞中观察。他们发明白一个实行室，在一具干尸面前的电脑上查到了全部的机密，原来这个海沟是美国当局遗弃的一个研究生物武器的机密基地，科学家通过生物基因杂交生产出了大量的生物武器，但是不知是何缘故起因试验产生变乱，全部的科学家被那些生物杀死，无一幸免。
　　他们试图炸毁试验基地，不意在一个基因互换室碰到了最可骇的怪物------一个竖挂在墙壁上的多脚海星。在大家用步枪抵抗这个海星的时间，一个男科学家被海星巨大的触手卷走，一个女队员则被海星吸入口中……
　　任务竣事，旧情鸳鸯回到潜艇上，却被不停呆在潜艇中的通讯指挥员截住并流露原形：着实底子不存在什么黑匣子，这次举措的真正目标就是取回生物试验的那张资料光盘，以是他才一步步引导队员们靠近谁人嗜血实行室，并且第一批返回的队员们有两人原来可以免受异形打击的，也是他从中作祟将舱门反锁，让那两个队员活活的被异形拉进水中……
　　通讯指挥员实现了本身的通盘筹划，把幸存的三人：旧情鸳鸯和艇长关在寄生着变异海藻的船舱内，幸而潜艇计划师把那张要命的光盘留在手中，提出和通讯指挥员相助，将其骗入船舱并被海藻熏染而死。
　　合法幸存者逃离伤害之地时，却发明艇长没有跟随他们一起进入逃生舱，艇长报告他们，适才礼服通讯指挥员时他不警惕被海藻熏染了，决定捐躯本身毁灭这个机密基地。
　　末了，那对伉俪带着光盘乘逃生舱逃离了可怕深渊，回到陆地上揭破当局的诡计，而艇长则启动了潜艇的自毁体系，炸毁了海沟的出口，将那些变异生物永久封闭在海底深渊之中。