故事的舞台是互联网体系发达的都市「DEN CITY」。
　　在那边有经过巨型企业「SOL技能社」通过高度的网络技能构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在谁人VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。但是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来举行黑客举动的谜之黑客团体「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的天下=电子界”毁灭。
　　然而在天下受到如许的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。
　　在那场传奇的战斗中，「Playmaker」利用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，乐成捕获了「SOL技能社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI步伐。一度救济了天下，然后却忽然鸣金收兵了，而他的名字就在互联网的天下中一刹时变得申明远播，成为了传说。
　　而如今，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了探求已往产生的某件变乱的原形，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」睁开了追击......  以此为契机，运气的齿轮就此转动……
　　迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目标，以及隐蔽在游作已往的原形到底是———
　　全部的答案，都在「Link Vrains」中