1949年，解放军寂静解放新疆，新疆军区创建，甘祖昌担当后勤部副部长。当时，敌特支持谋利倒把分子新疆扰乱物价，放荡把持黄金银圆，妄图从经济上困死解放军，甘祖昌低价将银圆投入流畅市场，打击奸商气势，稳固市场，稳固新疆政局。厥后，敌特分子为反攻甘祖昌制造车祸，令他头部重伤。1955年甘祖昌被授予少将军衔，和他同村同时入伍的李保山则授校衔。李对甘很妒忌，违纪后被解职回乡。甘祖昌脑震荡后遗症严峻，自发不在得当办事部队，加之回家后看抵故乡虽解放但生存仍贫苦，自请辞职，解甲归田，回到故乡江西莲花县沿背村。回乡后，他不辞辛劳，继承为故乡经济建立做孝敬。他打扫万难，修整水旱田，构筑水库，创建公社农科所等，使农夫生存大有改进。甘祖昌不恋高位而选择奉献，不图享受而甘于搏斗的精力成为领导干部的榜样，期间的前锋。